皇帝南巡，可不是一件小事，要安排大量的护卫官军，随扈的大臣，沿途的保障，供给都是一个巨大的数字，肯定是要提前准备的。
现在朱载坖也不用伪装了，明牌自己要南巡的事情，当初自己老爹嘉靖不也南巡承天府了，自己这个做儿子的南巡南京有什么不行。
何况南京还是大明的留都，太祖皇帝陵寝之所在，朱载坖作为皇帝怎么能够不去祭拜孝陵呢？朱载坖作为大孝子肯定是要祭拜孝陵的，所以隆庆二年十月，朱载坖正式要求翰林院草拟诏书，准备南巡。
没想到此举招致了翰林院的反对，首先就是礼部左侍郎、翰林学士掌院事殷士儋反对朱载坖南巡，面对自己的老师，朱载坖只得亲自召见殷士儋，希望说服自己这位老师。
殷士儋不同意朱载坖去南京，还是担心朱载坖的安全，往返京师南京数千里的路程，路上可能会出现什么都不好说，还不要说水土不服等各种意外风险，这些都是不可测的，殷士儋认为东南有张居正足够应对局面了，朱载坖再去南京，意义不大。
但是朱载坖执意要去南京，他对于朝廷新政在东南推行的情况始终是不放心的，担心有所反复，还有新政是否有弊端，是否有残民、害民之处，这些事情朱载坖倒现在还不知道，朱载坖很清楚，张居正等人肯定是报喜不报忧，而朝堂上的臣子们只要看到新政给朝廷带来了巨大的赋税收入就好了，但是其中的利弊到底如何，朱载坖必须到东南实地看看。
殷士儋见无法劝说朱载坖，只得领命，朱载坖对殷士儋说道：“先生之忠，朕一日不敢往，太子在京师，先生还要多看顾一点！”
殷士儋赶紧说道：“陛下言重了，此臣分内之事也，臣敢不竭忠尽智！”
朱载坖笑笑，令殷士儋回去督促翰林院起草诏书，准备昭告天下。
殷士儋走后，朱载坖下达上谕，礼部左侍郎兼翰林学士掌院事殷士儋，加东阁大学士，入阁预机务。同时召集内阁和六部商量南巡的事情，虽然大臣们极不赞成朱载坖南巡，但是圣意已决，他们也只得同意。
南巡最主要的问题就是人员和钱粮，朱载坖不是一个人几个人出巡，随驾的文武官员，护驾的官军士卒，数以万计，需要大量的补给物资，这些东西的调集和运输都需要时间，尤其是数万大军的人吃马嚼，在长达数月的时间里就是数十万石的军粮。